Hacia el 1368 a. C. se separó del rey, probablemente por el mayor celo de Nefertiti hacia la nueva religión; se retiró con sus hijas y su yerno Tutankatón (el futuro faraón Tutankamón) a vivir al castillo de Atón, situado al norte de la nueva capital egipcia, Aketatón (Tell-el-Amarna).
Por lo demás, poco se sabe de Nefertiti, salvo que debió de ser una mujer de extraordinaria belleza, a juzgar por las referencias escritas (su nombre significa «la bella ha venido») y por los retratos realizados con el realismo propio del arte de aquel periodo excepcional (sobre todo el busto policromado del Museo de Berlín).
Tras la muerte de su marido en el año 1362 a. C., Nefertiti continuó fiel al culto de Atón, en medio de la reacción conservadora que, en poco tiempo, condujo a la restauración de la religión tradicional y del poder de la casta de los sacerdotes de Amón.).
